1. ด้านการเกษตร ทำให้เกิดพืชสายพันธุ์ใหม่ที่มีความทนทานต่อสภาพแวดล้อม เช่น ทนต่อศัตรูพืช หรือมีความสามารถในการป้องกันตนเองจากศัตรูพืช เช่น เชื้อไวรัส เชื้อรา แบคทีเรีย แมลงศัตรูพืช รวมทั้งเป็นพืชที่ทนแล้ง ทนดินเค็ม ดินเปรี้ยว เกิดพืชสายพันธุ์ใหม่ที่มีคุณสมบัติเหมาะสมในการเก็บรักษาเป็นเวลานาน ทำให้สามารถอยู่ได้หลายวัน และขนส่งได้เป็นระยะทางไกลโดยไม่เน่าเสีย เช่น
- มะเขือเทศที่สุกช้าลง โดยถ่ายฝากยีนสุกงอมช้า ทำให้เก็บมะเขือเทศไว้ได้นาน ไม่นิ่มง่าย และมีรสชาติดี จ
- ข้าวสีทอง โดยการตัดต่อยีนที่สร้างเบต้าคาโรทีนกับยีนของต้นข้าว ข้าวจะมีสีเหลืองเหมือนทองและมีวิตามินเอสูง ช่วยในการแก้ปัญหาการขาดแคลนธาตุอาหารของประชากรในประเทศยากจน
- ปลาแซลมอนดัดแปลงพันธุกรรม มีขนาดใหญ่คุณสมบัติโตเร็วเป็น 2 เท่าของปลาแซลมอนโดยทั่วไป
- ดอกไม้ มีการศึกษาการดัดแปลงพันธุกรรมการเปลี่ยนสีของดอกหลายชนิด เช่น บริษัท Florigene ประเทศญี่ปุ่น สามารถผลิตดอกคาร์เนชั่นสีม่วงอ่อนถึงม่วงเข้มได้ ซึ่งในธรรมชาติดอกคาร์เนชั่นไม่พบสีเหล่านี้
2. ด้านพลังงาน พันธุวิศวกรรมสามารถปรับปรุงพันธุ์พืชที่ผลิตสารให้พลังงาน เช่น มันสำปะหลัง อ้อย ปาล์มน้ำมัน ที่นำมาผลิตไบโอเอทานอล ไบโอดีเซล ไบโอก๊าซ โดยผลิตพืชให้มีจำนวนมากขึ้น พัฒนาพันธุ์พืชให้มีประสิทธิภาพในการสังเคราะห์ด้วยแสง ลดอัตราการใช้ปุ๋ยและน้ำ และทนต่อสภาพดินต่าง ๆ เพื่อให้ปลูกได้หลายที่ กระตุ้นให้มีการเจริญเติบโตได้รวดเร็ว ให้ผลผลิตสูง เป็นต้น นอกจากนี้ยังสามารถปรับปรุงพันธุ์พืชให้มีแป้งหรือน้ำตาลที่หมักได้ง่ายขึ้น เช่น การปรับปรุงพันธุ์ข้าวโพดให้มีแป้งที่หมักเปลี่ยนเป็นแอลกอฮอล์ได้ง่าย
3. ด้านเวชภัณฑ์ มีการพัฒนาการตัดต่อยีนในการสังเคราะห์ชิ้นส่วนของโปลิโอไวรัสเข้าไปไว้ในกล้วย ทำให้คนในประเทศกำลังพัฒนาที่ไม่มีกำลังซื้อวัคซีนโปลิโอสามารถนำกล้วย GMOs นี้ไปบริโภคเพื่อสร้างภูมิคุ้มกันโรคโปลิโอได้ หรือผลิตยาสูบที่มีตัวยาสำหรับรักษาโรคมะเร็ง การใช้ยีนจากหญิงที่เป็นหมัน ซึ่งมีฤทธิ์ทำลายสเปิร์มมาผลิตในข้าวโพด เพื่อทำยาคุมกำเนิดใส่ในถุงยางอนามัย หรือการพัฒนาให้ข้าวโพดผลิตวัคซีนไวรัสตับอักเสบ
4 ด้านอุตสาหกรรม ทำให้ลดการใช้สารเคมีและช่วยให้ได้พืชผลมากขึ้นกว่าเดิม มีผลทำให้ต้นทุนการผลิตต่ำลง วัตถุดิบที่มาจากภาคเกษตร เช่น กากถั่วเหลืองอาหารสัตว์จึงมีราคาถูกลง ทำให้เพิ่มอำนาจในการแข่งขัน ลดต้นทุน และเวลาที่ใช้ในการผลิต ตัวอย่างเช่น อุตสาหกรรมสิ่งทอ ผลิตฝ้ายดัดแปลงพันธุกรรมให้มีเส้นใยสีฟ้าสำหรับทำผ้ายีนส์ ซึ่งจะช่วยลดมลพิษจากกระบวนการย้อมสียีนส์ จนถึงปัจจุบันสามารถทำฝ้ายใยสีเขียวได้แล้ว หรือการทำเสื้อกันกระสุนโดยตัดต่อยีนของโปรตีนของใยแมงมุมที่มีความเหนียวกับใบยาสูบ หรือการทำให้ต้นยาสูบสร้างเม็ดพลาสติกในเนื้อเยื่อของพืชสำหรับอุตสาหกรรมพลาสติก และตัดต่อยีนของต้นยูคาลิปตัสเพื่อลดปริมาณลิกนิน ช่วยลดต้นทุนในการผลิตสำหรับอุตสาหกรรมกระดาษ
5. ด้านสิ่งแวดล้อม เมื่อพืชมีคุณสมบัติสามารถป้องกันศัตรูพืชได้เอง อัตราการใช้สารเคมีเพื่อปราบศัตรูพืชก็จะลดน้อยลงจนถึงไม่ต้องใช้เลย ทำให้ลดมลภาวะต่อสิ่งแวดล้อมที่เกิดขึ้นจากการใช้สารเคมีปราบศัตรูพืช และลดอันตรายต่อเกษตรกรเองที่เกิดขึ้นจากพิษของการฉีดสารเหล่านั้นในปริมาณมาก นอกจากนี้ยังมีการสร้างพืชกำจัดสารพิษที่สามารถดูดสารพิษมากักเก็บไว้ หรือเปลี่ยนสารพิษให้อยู่ในรูปที่ไม่เป็นพิษหรือเป็นพิษน้อยก่อนที่ปล่อยสู่สิ่งแวดล้อม
- มะเขือเทศที่สุกช้าลง โดยถ่ายฝากยีนสุกงอมช้า ทำให้เก็บมะเขือเทศไว้ได้นาน ไม่นิ่มง่าย และมีรสชาติดี จ
- ข้าวสีทอง โดยการตัดต่อยีนที่สร้างเบต้าคาโรทีนกับยีนของต้นข้าว ข้าวจะมีสีเหลืองเหมือนทองและมีวิตามินเอสูง ช่วยในการแก้ปัญหาการขาดแคลนธาตุอาหารของประชากรในประเทศยากจน
- ปลาแซลมอนดัดแปลงพันธุกรรม มีขนาดใหญ่คุณสมบัติโตเร็วเป็น 2 เท่าของปลาแซลมอนโดยทั่วไป
- ดอกไม้ มีการศึกษาการดัดแปลงพันธุกรรมการเปลี่ยนสีของดอกหลายชนิด เช่น บริษัท Florigene ประเทศญี่ปุ่น สามารถผลิตดอกคาร์เนชั่นสีม่วงอ่อนถึงม่วงเข้มได้ ซึ่งในธรรมชาติดอกคาร์เนชั่นไม่พบสีเหล่านี้
2. ด้านพลังงาน พันธุวิศวกรรมสามารถปรับปรุงพันธุ์พืชที่ผลิตสารให้พลังงาน เช่น มันสำปะหลัง อ้อย ปาล์มน้ำมัน ที่นำมาผลิตไบโอเอทานอล ไบโอดีเซล ไบโอก๊าซ โดยผลิตพืชให้มีจำนวนมากขึ้น พัฒนาพันธุ์พืชให้มีประสิทธิภาพในการสังเคราะห์ด้วยแสง ลดอัตราการใช้ปุ๋ยและน้ำ และทนต่อสภาพดินต่าง ๆ เพื่อให้ปลูกได้หลายที่ กระตุ้นให้มีการเจริญเติบโตได้รวดเร็ว ให้ผลผลิตสูง เป็นต้น นอกจากนี้ยังสามารถปรับปรุงพันธุ์พืชให้มีแป้งหรือน้ำตาลที่หมักได้ง่ายขึ้น เช่น การปรับปรุงพันธุ์ข้าวโพดให้มีแป้งที่หมักเปลี่ยนเป็นแอลกอฮอล์ได้ง่าย
3. ด้านเวชภัณฑ์ มีการพัฒนาการตัดต่อยีนในการสังเคราะห์ชิ้นส่วนของโปลิโอไวรัสเข้าไปไว้ในกล้วย ทำให้คนในประเทศกำลังพัฒนาที่ไม่มีกำลังซื้อวัคซีนโปลิโอสามารถนำกล้วย GMOs นี้ไปบริโภคเพื่อสร้างภูมิคุ้มกันโรคโปลิโอได้ หรือผลิตยาสูบที่มีตัวยาสำหรับรักษาโรคมะเร็ง การใช้ยีนจากหญิงที่เป็นหมัน ซึ่งมีฤทธิ์ทำลายสเปิร์มมาผลิตในข้าวโพด เพื่อทำยาคุมกำเนิดใส่ในถุงยางอนามัย หรือการพัฒนาให้ข้าวโพดผลิตวัคซีนไวรัสตับอักเสบ
4 ด้านอุตสาหกรรม ทำให้ลดการใช้สารเคมีและช่วยให้ได้พืชผลมากขึ้นกว่าเดิม มีผลทำให้ต้นทุนการผลิตต่ำลง วัตถุดิบที่มาจากภาคเกษตร เช่น กากถั่วเหลืองอาหารสัตว์จึงมีราคาถูกลง ทำให้เพิ่มอำนาจในการแข่งขัน ลดต้นทุน และเวลาที่ใช้ในการผลิต ตัวอย่างเช่น อุตสาหกรรมสิ่งทอ ผลิตฝ้ายดัดแปลงพันธุกรรมให้มีเส้นใยสีฟ้าสำหรับทำผ้ายีนส์ ซึ่งจะช่วยลดมลพิษจากกระบวนการย้อมสียีนส์ จนถึงปัจจุบันสามารถทำฝ้ายใยสีเขียวได้แล้ว หรือการทำเสื้อกันกระสุนโดยตัดต่อยีนของโปรตีนของใยแมงมุมที่มีความเหนียวกับใบยาสูบ หรือการทำให้ต้นยาสูบสร้างเม็ดพลาสติกในเนื้อเยื่อของพืชสำหรับอุตสาหกรรมพลาสติก และตัดต่อยีนของต้นยูคาลิปตัสเพื่อลดปริมาณลิกนิน ช่วยลดต้นทุนในการผลิตสำหรับอุตสาหกรรมกระดาษ
5. ด้านสิ่งแวดล้อม เมื่อพืชมีคุณสมบัติสามารถป้องกันศัตรูพืชได้เอง อัตราการใช้สารเคมีเพื่อปราบศัตรูพืชก็จะลดน้อยลงจนถึงไม่ต้องใช้เลย ทำให้ลดมลภาวะต่อสิ่งแวดล้อมที่เกิดขึ้นจากการใช้สารเคมีปราบศัตรูพืช และลดอันตรายต่อเกษตรกรเองที่เกิดขึ้นจากพิษของการฉีดสารเหล่านั้นในปริมาณมาก นอกจากนี้ยังมีการสร้างพืชกำจัดสารพิษที่สามารถดูดสารพิษมากักเก็บไว้ หรือเปลี่ยนสารพิษให้อยู่ในรูปที่ไม่เป็นพิษหรือเป็นพิษน้อยก่อนที่ปล่อยสู่สิ่งแวดล้อม